Studi In Silico Caffeic Acid dari Tanaman Annona Muricata dengan Protease SARS CoV-2 Omicron Varian 1kyz

Authors

  • Muhamad Luthfi Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia.
  • Qonita Nur Fadhila Department of Pharmacy, High School of Pharmacy, Riau, Indonesia
  • Wahyu Saputra Department of Technical Information, Faculty of Science and Technology, Universitas Sultan Syarif Kasim, Riau, Indonesia

Abstract

Riset ini bertujuan untuk menelusuri interaksi molekuler Caffeic Acid dengan protease SARS CoV-2 omicron varian 1kyz secara in silico. Metode yang digunakan yaitu aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5 dan PyRX versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3 Dimensi pada molekul dan ligan protein yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah Laptop HP 14- CM0094AU/CM0095AU, OS Windows 10 Core(TM) i3- 1005G1 CPU @ 1.20GHz (4 CPUs), ~1.2GHz, RAM 4GB sebagai sistem operasi. Screening molekul aktif menggunakan situs www.phytochem.nal.usda.gov. Senyawa aktifnya didapatkan dari http://www.pubchem.com/. Hasil dari eksperimen ini adalah SMILES C1=CC(=C(C=C1C=CC(=O)O)OS(=O)(=O)O)O Protease 1kyz berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan Binding  Affinity untuk masing-masing RMSD (lower bound) 0.0 ; 6.816 ; 8.275 ; 1.366 ; 7.74 ; 8.281 ; 5.281 ; 1.427 ; 6.78. RMSD (upper bound) 0.0 ; 8.541 ; 11.476 ; 5.999 ; 9.802 ; 10.496 ; 8.681 ; 2.168 ; 9.347. Masing-masing Binding Affinity sebesar -5.4; -5.4; -5.4; -5.4; -5.3; -5.3; -5.3; -5.2 dan -5.1.

Downloads

Published

2022-06-14

Issue

Vol. 1 No. 02 (2022): Virtual Learning

Section

Articles