Pemurnian dan Molecular Docking Senyawa Aktif 9-hexodecenoic acid dengan Protease SARS-CoV-2 Varian 1C6Y Menggunakan PyMOL dan PyRx

Authors

  • Latifa Permata Gusti Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Annisa Aulia Department of Biology, Faculty of Mathematic and Natural Science, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Fadhillah Savitri Armas Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Science, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia

Keywords:

SARS-CoV-2, Varian 1C6Y, PyMOL, PyRx

Abstract

Riset ini bertujuan untuk memurnikan dan kajian molecular docking senyawa
aktif 9-hexodecenoic acid dari tanaman Abelmoschus Esculentus dengan virus
SARS-CoV-2 varian 1C6Y. Metode yang digunakan aplikasi PyMOL versi
1.7.4.5-Win32.msi. dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan
dengan mengobservasi konformasi 3D pada molekul dan ligand yang
digunakan. Perangkat yang digunakan adalah prosesor Intel(R) Celeron(R)
N4000 CPU @ 1.10GHz 1.10 GHz, RAM 2 GB. Protease 1C6Y diambil dari
situs protein databank (PDB) (https://www.rcsb.org/). Screening molekul aktif
menggunakan situs Dr.Duke (www.phytochem.com.). Senyawa aktif didapatkan
dari Pubchem (www.pubchem.com). Hasil docking didapatkan nilai Binding
Afinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD Lower Bond 0,0; 2,091; 2,807;
2,446; 2,415; 3,014; 2,66; 3,643; 2,463. Dan untuk RMSD Upper Bond 0,0;
3,397; 7,054; 4,313; 7,606; 6,699; 7,367; 7,781; 7,703.

Downloads

Published

2022-06-14

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): Phenomenon Learning

Section

Articles