Investigasi Molecular Alpha-Pinene dari Centella Asiatika dengan protease 7K0E Virus Sars-Cov-2

Authors

  • Muhammad Muslim Departemen Kimia
  • Qurratu Aini Sukria Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negri Padang, Indonesia

Abstract

Tujuan dari eksperimen ini untuk menganalisis interaksi molecular docking senyawa aktif Alpha-Pinene dari Centella Asiatika dengan protease 7K0E Sars Cov-2. Metode pemodelan menggunakan PyMOL dan PyRx. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D pada molekul dan ligand yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah prosesor (R) intel Core(TM) i5-1005G1 CPU @ 1.20GHz (4 CPUs), ~2,5GHz, RAM 8 GB. Screening molekul aktif menggunakan situs www. DrDuke.com. Senyawa aktif didapatkan dari pubchem (www.pubchem.com). Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktf dengan SMILES CC1=CCC2CC1C2(C)C. Protease 7K0E  juga berhasil dimurnikan dengan Pymol. Hasil docking didapatkan nilai binding affinity -4,6; -4,7; -4,8; -4,8; -5,2; -5,3; -5,5; -5,5; -5,5 untuk masing masing RMSD 11,856; 11,554; 1,175; 1,195; 1,013; 0,94; 1,058; 1,159; 0.

.

Downloads

Published

2022-06-13

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): TECH-SMART

Section

Articles