Energi Afinitas dan RMSD Senyawa Aktif Kaempferol dari Tumbuhan Ceiba pentandra dengan Varian 7K0E Protease Spike Virus SARS-CoV-2

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi interaksi senyawa aktif kaempferol dari tanaman Ceiba pentandra dengan protease Sars-Cov-2 varian 7K0E. Metode penelitian yang digunakan adalah metode molecular docking dengan software PyMOL versi 2.5.2 untuk pemurnian protein target dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 bit untuk mengetahui binding affinity beserta RMSD. Penelitian ini dilakukan dengan menginvestigasi bentuk konformasi 3D molekul dan ligan protein yang digunakan. Perangkat keras yang digunakan yaitu laptop dengan spesifikasi Acer, system model Aspire E1-421, processor AMD E1-1200 APU with Radeon (tm) HD Graphichs (2CPUs),~1.4 GHz, memory 2048 MB RAM, Windows 7 Ultimate 64-bit (6,1 build 7601). Screening molekul aktif dapat dilakukan melalui website http://www.phytochem.nal.usda.gov/ dan senyawa aktif diperoleh melalui website https://pubchem.ncbi.nlm.nih. Gov/ compound/. Hasil peneltian diperoleh senyawa aktif dengan Canonical SMILES C1=CC(=CC=C1C2=C(C(=O)C3=C(C=C(C=C3O2)O)O)O)O. Protease 7K0E berhasil dimurnikan melalui aplikasi PyMOL. Hasil uji docking diperoleh nilai binding affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD (Lower Bond) 0,0; 2,401; 3,868; 2,592; 14,336; 6,789; 3,063; 6,155; 2,723 dan RMSD (Upper Bond)  0,0; 5,613; 7,901; 7,593; 15,971; 10,321; 7,812; 10,258; 7,428 yaitu -7,8; -7,6; -7,5; -7,3; -7,3; -7,3; -7,2; -7,1; -7,0.