- Visualisasi Proses Pemurnian dan Isolasi Sebagian Pada Protein Spike Virus Sars-Cov 2 varian 7EK6 dengan aplikasi pymol

Authors

  • Rainy Setia Ningsih dapartemen kimia, fakultas matematika dan ilmu pengetahuan alam, universitas negeri padang, padang, indonesia
  • Selsa Arlini Pendidikan Kedokteran, Fakuktas Kedokteran, Universitas HKBP Nommensen, Medan, Indonesia
  • Frayengka Alfaga Teknik Elektro dan Industri, Fakuktas Teknik, Universitas Negeri Padang, Padang,Indonesi

Abstract

Riset ini mengkaji tentang komputasi mengenai pemurnian dan isolasi protein spike virus Sars-Cov-2 varian 7EK6 menggunakan aplikasi PyMol. Metode yang saya gunakan dalam penelitian ini yaitu pemodelan molekuler dengan software PyMol versi 2.5.2 dikeluarkan oleh Schrodinger. Perangkat yang digunakan acer Aspire 3 A314-32-C4WL. . Dalam melakukan penelitian ini terdapat beberapa tahapan. Pertama, dilakukan pemilihan spike protein yang akan  digunakan pada situs https://www.rcsb.org/. Protein yang digunakan adalah varian spike Sars-Cov-2 varian 7EK6. Tahap selanjutnya, dilakukan pemurnian dan isolasi selektif dengan menggunakan aplikasi PyMol. Pemurnian dilakukan terlebih dahulu dengan cara remove waters, kemudian sele dan menghapus natif ligan, kemudian preset dan dipilih cartoon. Hasil yang didapatkan dari proses ini adalah protein murni spike virus Sars-Cov-2 varian 7EK6 dengan struktur yang bebas air, bebas natif ligan dan bebas pengotor lainnya.

Downloads

Published

2022-06-13

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): MATH-SMART

Section

Articles