Kajian Interaksi Molekuler Senyawa Aktif Malic Acid dari Strobilanthes Crispus dengan Protease 7K0E SARS-Cov pada Aspek Pemurnian dan Molekular Docking

Authors

  • Mariza Anjelia Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
  • Meli Kurnia Sari Department of Biology, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Negeri Jambi, Jambi, Indonesia.
  • Nazatul Natasha Nadila Department of Medical Education, Faculty of Medical, University Diponegoro, Semarang, Indonesia.

Abstract

Kajian ini bertujuan untuk menganalisis  interaksi molekuler antara senyawa malic acid yang terdapat pada tumbuhan keji beling (Strobilanthes crispus) dengan protease 7K0E menggunakan metode komputasi. Software yang digunakan yaitu Pymol versi 1.7.4.5 2020 dan PyRx versi 0.8 (python exe). Protease 7K0E diambil dari situs protein data bank (www.rcsb.org/) dan senyawa aktif malic acid diambil dari drduke’s (https://phytochem.nal.usda.gov), pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) serta swiss target (https://www.swistargetprediction.ch/). Protease 7K0E berhasil dimurnikan menggunakan aplikasi Pymol. Kemudian semua ligan yang telah bersih dilakukan docking molekular menggunakan aplikasi PyRx dengan program Vina dan Autodock. Didapatkan nilai binding affinity (kkal/mol) yaitu -5,2; -5; -5; -4,3; -4,2; -4,2; -4,2; -4,1; -4,1 dengan RMSD lower bond 0; 0,766; 16,789; 17,072; 1,314; 2,106; 1,849; 12,021; 18,786 dan RMSD upper bond 0; 1,696; 17,413; 17,87; 3,656; 3,972; 3,552; 12,739; 19,939.

Downloads

Published

2022-06-16

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): CHEMISTRY SMART

Section

Articles