- Interaksi Molekular dan Purifikasi Senyawa Aktif D-Camphor dari Curcuma Xanthorrhiza dengan Protease SARS-CoV-2 Varian 6XRZ Menggunakan Pendekatan In Silico

Authors

  • LEONYTA ANGGRAINI MARDHATILLAH Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Ferdian Admil Sandika Department of Science Chemistry, Faculty of Sciences, Universitas Putra Malaysia, Selangor, Malaysia
  • Puti Aulia Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Andalas, Padang, Indonesia

Keywords:

Keywords:PyMOL;PyRx;D-Camphor;Protease 6XRZ ;Curcuma xanthorrhiza

Abstract

Riset ini bertujuan untuk menganalisis interaksi molekular senyawa D-Camphor dari tumbuhan Curcuma xanthorrhiza dengan Protease SARS-CoV-2 varian 6XRZ. Metode yang digunakan yaitu aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5 dan PyRX versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3 dimensi pada molekul dan ligan protein yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah Laptop ASUS 14- CM0094AU/CM0095AU, OS Windows 10 Core(TM) i3- 1005G1 CPU @ 1.20GHz (4  CPUs), ~1.2GHz, RAM 4GB sebagai sistem operasi. Screening molekul aktif menggunakan situs www.phytochem.nal.usda.gov/. Senyawa aktifnya didapatkan dari http://www.pubchem.com/. Hasil dari eksperimen ini adalah SMILES CC1(C2CCC1(C(=O)C2)C)C Protease 6XRZ berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan binding  affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD (lower bond) 0,0 ; 1.6 ; 1.483 ; 19.377 ; 1.448 ; 1.439 ; 1.969 ; 1.903 ; 2.028 dan RMSD (upper bond)  0.0; 3.105; 2.866; 20.758; 2.147; 2.391; 3.238; 3.169; 3.46 yaitu -4.9; -4.8; -4.7; -4.5; -4.4; -4.3; -4.3; -4.3 dan -4.2.

Downloads

Published

2022-06-12

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): ASTRO-SMART

Section

Articles