Studi Komputasi PyMol dan PyRx : Pemurnian dan Molecular Docking pada Sars-Cov 19 Varian 6xrz

Authors

  • Chici Deta Pratiwi Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia.
  • Syinta Gussri Fatmawati Department of Physics, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Andalas, Padang, Indonesia

Keywords:

6xrz Variant, PyMOL, PyRx, Sars-Cov-2

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengamati dan memurnikan moleculer docking pada senyawa Beta-Amyrin dengan protease SARSN-CoV-2 varian 6xrz dengan metode yang digunakan adalah aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5 dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Penelitian ini menggunakan perangkat ASUS 14-CM0094AU/CM0095AU, OS WIN10 CPU AMD Dual Core E2-7015 1.5 GHz dengan menggunakan situs www.phytochem.nal.usda.gov/. Senyawa beta-amyrin yang merupakan senyawa aktif dari http://www.pubchem.com/. Hasil eksperimen ini adalah SMILES C5(C)C)O)C)C)[C@@H]1CC(CC2)(C)C)C Protease 6xrz berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan binding  affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD (lower bond) 0,0; 4,568; 1,893; 2,827; 2,746; 1,458; 1,422; 2,741; 1,966 yaitu -7,4;  -7,0;  -7,0; -7,0;  -6,9;  -6,9; -6,9; -6,7;  -6,5 kkal/mol.

Downloads

Published

2022-06-12

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): ASTRO-SMART

Section

Articles