Pemurnian dan Molekuler Docking Senyawa Aktif Camphora dari Cymbopogon nardus dengan SARS-CoV-2 Varian 7JTL

Abstract

Riset ini bertujuan menganalisis pemurnian dan kajian molecular docking senyawa aktif camphora dari tanaman daun serai (Cymbopogon nardus) dengan protease 7JTL SARS-CoV-2 . Metode yang digunakan aplikasi EduPyMOL, versi 1.7.4.5-Win32 msi dan PyRx versi PyRx version 0.8 (python exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D pada molekul dan ligan yang digunakan perangkat yang digunakan adalah laptop Asus A455L, OS Windows 10 Intel(R) Core(TM) i3-4005U CPU @ 1.70GHz   1.70 GHz,  RAM 4GB sebagai operasi. Screening molekul aktif menggunakannsitus www.phytochem.nal.usda.gov. Senyawa aktifnya didapatkan dari pubchem www.pubchem.com. Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILES CC1(C2CCC1(C(=O)C2)C)C. Protease 7JTL juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai binding affinity untuk masing masing RMSD (lower bond) 0,0; 0,0; 1,294; 2,0; 2,011; 2,377; 1,634; 1,745; 1,34; 2,825 dan RMSD (upper bond) 0,0; 2,235; 2,685; 2,776; 2,863; 2,932; 3,389; 3,833, 3,9 yaitu -5,7;  -5,7; -5,5; -5,4; -5,4; -5,1; -5,0; -5,0 dan -4,9 kkal/mol.