Study Komputasi Pemurnian dan Molecular Docking Senyawa Aktif 5-MethoxySativan dari Tumbuhan Alfalfa dengan Protease SARS-CoV-2 Omicron Varian 7WRV

Abstract

Riset ini bertujuan menganalisis interaksi senyawa aktif 5-Methoxysativan dari tumbuhan Alfalfa dengan protease Sars-Cov-2 varian 7WRV. Metode yang digunakan yaitu aplikasi EduPyMOL- Versi1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi PyRx version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein yang digunakan. Perangkat yang digunakan yaitu notebook dengan spesifikasi prosesorIntel(R) Core(TM) i3-1005G1 CPU @ 1.20GHz (4 CPUs), ~1.2GHz, RAM 4 GB,Windows 11 Home Single Language 64-bit sebagai sistem operasi. Screening molekul aktif menggunakan situs Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical (phytochem.nal.usda.gov). Senyawa aktif yang diperoleh adalah 5-Methoxysativan dengan SMILES COC1=CC(=C(C=C1C2CC3=C(C=C(C=C3)O)OC2)OC)OC. Protease 7WRV juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan binding affinity sebesar -6.3;-6.0;-5.8;-5.7;-5.7;-5.6;-5.4;-5.3;-5.3 dan masing-masing RMSD sebesar 0.0;2.168;2.942;3.328;2.22;2.988;2.876;4.18;3.307 kkal/mol.